El trabajo de Protection International en Colombia se ha desarrollado en las siguientes regiones:

• Magdalena Medio: con 5 comunidades campesinas (El Guayabo, Bella Unión, Las Pavas, Nueva Esperanza y El Garzal).
• Cauca: comunidades afro colombianas vinculadas a la organización territorial COCOCAUCA, trabajando especialmente con los "convites"; así como con comunidades indígenas que son parte de la Asociación de Cabildeos Indígenas del Norte del Cauca (ACIN).
• Región de Córdoba: con las comunidades campesinas Las Catas y el Quindío; el resguardo  indígena del pueblo Embera de Dochama; y el Grupo de Tierra y Territorio de Córdoba formado por 12 comunidades.
• Región de El Cesar: comunidad de El Hatillo.
• Vichada: en La Primavera, con los resguardos indígenas La Llanura y la Pascua, integrados por 28 comunidades aproximadamente, y el asentamiento  indígena El Trompillo.

En Vichada PI trabaja en alianza con la Corporación Claretiana Norman Pérez Bello .En otras regiones, actualmente el trabajo lo desarrolla con Pensamiento y Acción Social (PAS).