El trabajo de Protection International en Colombia se ha desarrollado en las siguientes regiones:

• Cauca: comunidades afro colombianas vinculadas a la organización territorial COCOCAUCA, trabajando especialmente con los "convites"; así como con comunidades indígenas que son parte de la Asociación de Cabildeos Indígenas del Norte del Cauca (ACIN).
• Región de El Cesar: comunidad de El Hatillo.
• Vichada: en La Primavera, con los resguardos indígenas La Llanura y la Pascua, integrados por 28 comunidades aproximadamente, y el asentamiento  indígena El Trompillo.
• Caquetá.

En Vichada PI trabaja en alianza con la Corporación Claretiana Norman Pérez Bello .En otras regiones, actualmente el trabajo lo desarrolla con Pensamiento y Acción Social (PAS).

El equipo en Colombia trabaja también más allá de sus fronteras, acompañando procesos comunitarios y organizaciones de derechos humanos en Brasil, Perú, Bolivia, Ecuador y Uruguay, entre otros.